Wenn auch selten, so gibt es durchaus Menschen, die Heparin nicht vertragen. Möglich ist das Auftreten von Haut- oder Blutbildveränderungen (verringerte Anzahl der Blutplättchen, Thrombozytopenie).
In diesem Fall stehen andere Medikamente, sogenannte Heparinoide zu Verfügung, die wirksam die Blutgerinnung hemmen. Zwei dieser Medikamente heißen Orgaran® und Arixtra®.