Ein Allergen ist der Stoff, der die Allergie auslöst, also von den körpereigenen Abwehrstoffen als fremd erkannt und bekämpft wird. So sind z.B. bei Pollenallergikern die Pollen das Allergen und bei einer Wespenallergie das Wespengift.
Meistens handelt es sich bei den Allergenen um Eiweißverbindungen, eine gemeinsame chemische Struktur gibt es jedoch nicht.