Metaphyse ist der anatomische Begriff für den Abschnitt der Röhrenknochen, der zwischen Knochenschaft (Diaphyse) und Knochenendstück (Epiphyse) liegt.
Während des Wachstums beinhaltet die Metaphyse die Epiphysenfuge, die für das Längenwachstum verantwortlich ist. Beim Erwachsenen ist dort als Knochenfüllung die schwammartig aufgebaute Spongiosa zu finden.