Wie fast alle Medikamente kann auch Pantoprazol Nebenwirkungen auslösen. Bei etwa 5% der Anwender kommt es zu unerwünschten Arzneimittelwirkungen unter der Therapie. Besonders häufig wird die Entstehung gutartiger Magenpolypen beobachtet.

Pantoprazol ist ein sogenannter Protonenpumpenhemmer. Alle Vertreter dieser Wirkstoffklasse reduzieren die Säuremenge im Magen, indem sie die Säureproduktion hemmen (also nicht die Säurewirkung im Magen wie die Antazida).