Man kann sich vorstellen, dass der Eingriff in den Hormonhaushalt durch GnRH-Analoga nicht ohne Folgen bleibt und zum Teil auch unerwünschte Wirkungen mit sich bringt. Wenn die Hormonproduktion infolge der Behandlung ausbleibt, entspricht das in etwa der Situation in den Wechseljahren. Daher können auch ganz ähnliche Beschwerden auftreten.

GnRH-Analoga werden zur Hormontherapie bei Brustkrebs eingesetzt. Sie unterdrücken die Bildung von Östrogenen in den Eierstöcken und sind eine Option bei jüngeren Frauen vor der Menopause.